Как сообщил Пономарев, 10 декабря ему стало известно от следователя, который вел дело, что это произошло в результате того, что экспертиза не нашла в высказываниях правозащитника признаков клеветы.
22 февраля 2008 года следователь прокуратуры Центрального округа Москвы признал Льва Пономарева обвиняемым в клевете в отношении Юрия Калинина, соединенной с обвинением его в совершении тяжкого преступления (статья 129, часть 3 УК РФ) и взял с правозащитника подписку о невыезде.
Как сообщило движение «За права человека», предлогом для обвинения стало решение Пресненского суда от 23 апреля 2007 года, признавшего ложным обвинением утверждение Льва Пономарева об ответственности директора Федеральной службы исполнения наказаний России Юрия Калинина за создание пыточной системы в колониях. Пономарев применил слово «автор» в значении «виновник», имея в виду, что по должности глава пенитенциарного ведомства несет ответственность за нарушения прав и свобод человека в подведомственных ему учреждениях.