Обвинения в пособничестве контрабанде и приготовлении к незаконному сбыту в составе организованной группы ФСКН предъявила Зелениной в прошлом году. В рамках этого дела она была задержана 15 августа 2012 года и помещена под стражу. 24 сентября 2012 года Мосгорсуд отменил решение об аресте и направил дело о мере пресечения на новое рассмотрение. На следующий день Зюзинский суд Москвы освободил Зеленину из-под стражи.
Мосгорсуд также отменил решение об аресте предпринимателя Сергея Шилова, которому по версии следствия помогала Зеленина. Его обвиняют в хранении наркотика, якобы подмешанного в крупную партию кондитерского мака. Как утверждает ФСКН, в партии мака, переправленной через российскую границу в Брянской области, содержался морфий.
26 сентября в отношении Зелениной было возбуждено дело о превышении должностных полномочий. "Она, являясь заведующей кафедрой химических исследований Пензенского сельскохозяйственного института, не имея на то полномочий, представляла экспертные заключения, не производя экспертиз с самим предметом, который содержал наркотики", – заявил Иванов.
За Зеленину вступились члены Общественной палаты и Общественного совета при Министерстве образования и науки. "Зеленина известна своей принципиальной профессиональной позицией, которая, в частности, была изложена ею на слушаниях в Общественной палате. Эта позиция во многом противоречит мнению ФСКН, — говорится в письме членов ОП. — Тот факт, что следствие по делу Зелениной ведут именно сотрудники критикуемого ею ФСКН, несет в себе опасную угрозу конфликта интересов". Правозащитники признали Зеленину политзаключенной.
Зеленина — ведущий российский специалист по селекции безнаркотических сортов масличного мака и посевной конопли. Она неоднократно участвовала в качестве эксперта в уголовных процессах, связанных с оборотом наркосодержащих растений и запрещенных веществ растительного происхождения. При этом ее выводы зачастую не совпадали с обвинительной линией Госнаркоконтроля, в том числе по особо чувствительным для ФСКН "бакалейным" делам.